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杭州微流控芯片數字PCR如何選型

來源: 發布時間:2023-04-27

數字PCR也叫DigitalPCR(dPCR),是近幾年發展起來的一種核酸定量分析技術。相較于傳統熒光定量PCR來說,數字PCR對結果的判定不依賴于擴增曲線循環Ct值,不受擴增效率的影響,能夠直接讀出DNA的分子個數,能夠對起始樣本核酸分子***定量。數字PCR基本原理是將一個樣本分成幾十到幾萬份,然后再將其分配到不同的反應單元中,使每個微滴單元包含一個或多個拷貝的核酸分子(即DNA模板),每個單元都會對目標分子進行擴增,然后再對每個單元進行熒光信號的統計并計算。相對而言,傳統PCR或qPCR反應都是發生于同一體系當中,這也是數字PCR與其比較大的區別。檢測數量一次可達96個樣品。杭州微流控芯片數字PCR如何選型

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要了解為什么傳統PCR存在限制,務必要了解PCR反應過程中發生了什么。基本PCR運行可以分為三個階段:指數期每個循環積聚的產物準確加倍(假定**反應效率)。該反應具有高度特異性和精確度。出現指數式擴增,因為所有試劑均新鮮可用,反應的動力學推動反應有利于擴增子加倍。線性期(高變異性)隨著反應繼續,一些試劑因擴增而被消耗。反應開始減緩,并且每個循環的PCR產物不再加倍。平臺期(終點:使用傳統方法進行凝膠檢測)反應停止,不再產生更多產物,并且如果放置時間夠長,PCR產物將開始降解。因為每個樣品具有不同的反應動力學,所以每支試管或每個反應將在不同的時間點進入平臺期。在平臺期可以看到這些差異。在平臺期內,傳統PCR進行測量,又稱為終點檢測。廣州廣州永諾數字PCR品牌流式檢測,順序逐一檢測每個微滴,無熒光交叉干擾,微滴陰性陽性判讀準確。

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研究方向基因表達差異研究檢測時完全不依賴傳統的Ct值即可實現真正意義上的***定量,從而提供了比實時熒光定量PCR更精確的基因差異表達研究,尤其對于那些靶基因表達差異微小的情況:microRNA、lncRNAs等的表達分析、等位基因的不平衡表達、單細胞基因表達分析、Exosome內核酸分子定量分析等。拷貝數變異(CNV)研究微滴化的樣品處理及檢測,這種擺脫Ct值的計算方法而直接獲取目標基因的***拷貝數,為拷貝數變異的研究提供了***的檢測精度。是其他諸如二代測序、芯片雜交等平臺無法達到的,因此采用數字PCR能夠有效對NGS、aCGH的實驗結果進行驗證,并具有成本低、通量高的特點。

dPCR的基本原理目前dPCR主要有兩種形式,芯片式和液滴式,但基本原理都是將大量稀釋后的核酸溶液分散至芯片的微反應器或微滴中,每個反應器的核酸模板數少于或者等于1個。這樣經過PCR循環之后,有一個核酸分子模板的反應器就會給出熒光信號,沒有模板的反應器就沒有熒光信號。根據相對比例和反應器的體積,就可以推算出原始溶液的核酸濃度。可以使用幾種不同的方法來分配樣品,包括微孔板,毛細管,油乳劑和帶有核酸結合表面的小型化腔室陣列。樣品的分配使人們可以通過假設分子種群遵循泊松分布來估計不同分子的數量,根據泊松分布的原理,反應體系中目標分子的拷貝數可以通過公式A=-ln[(N-X)/N]*N計算,從而解決了多個目標分子存在于單個液滴中的可能性。線性范圍達到6個數量級,靈敏度高達萬分之一。

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目前數字PCR技術在臨床領域已經有著非常***且***地應用,例如在病原微生物檢測中的應用:HBV檢測、HIV檢測、甲型流感病毒檢測等;在產前診斷中的應用:13/18/21號染色體三倍體檢測、遺傳性耳聾檢測、地中海貧血檢測及優生五項的病毒檢測等;在**靶向***相關基因檢測中的應用:肺*EGFR基因突變、ALK基因融合檢測、結直腸*KRAS、BRAF基因突變檢測、乳腺*HER2基因 擴增檢測、神經膠質瘤IDH基因突變檢測等。以**靶向***相關基因檢測為例,在**形成的超早期,會出現**細胞的壞死和凋亡,這些凋亡或壞死的**細胞會釋放其DNA進入外周血,因此通過分析循環血液中是否含有**特異的游離DNA就可以達到**早期篩查的目的。然而此時DNA含量極低,對檢測的靈敏度和精確性要求極高,目前只有數字PCR技術可以檢測出來。另外進行個體化***時,需要對基因組樣本進行分析,此時利用數字PCR技術也能**提高結果的可信性,進而建立合理***方案。采用微滴式技術高達100,000個的微滴。蘇州MicroDrop-100數字PCR報價

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二代測序輔助建庫目前靶向測序建庫方法包括擴增子方法,在均相溶液中,當擴增引物增加時,由于擴增引物之間的相互作用,從而影響擴增的效率;如果將其分散到大量微液滴中擴增,將可降低引物間相互作用,提高擴增效率。同時還可以實現對于少量模板的有效擴增,得到更多的有效測序數據。CRISPR-Cas9基因編輯結果驗證CRISPR-Cas9技術的發明,是基因編輯技術的一大突破,但如何驗證實驗是否成功,仍需要高靈敏度的檢測方法,數字PCR技術可以滿足這一需求。Broad研究所張鋒團隊發明了以CRISPR為基礎的SHERLOCK技術可以對核酸進行高靈敏度的定性檢測,但精確定量評估時仍采取了數字PCR進行確認。杭州微流控芯片數字PCR如何選型

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