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江蘇二代測序提供

來源: 發(fā)布時間:2025-01-16

一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么?

一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。

二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時對上百萬甚至數(shù)十億個DNA分子進行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標。

三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達到幾-kb的級別,遠遠高于二代測序技術(shù)。 二代測序可以檢測基因嗎?江蘇二代測序提供

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二代測序技術(shù)在不同人群中的準確性有何差異②

遺傳病患者及攜帶者

優(yōu)勢:在常見單基因遺傳病如囊性纖維化、鐮狀細胞貧血等的檢測中,二代測序技術(shù)準確性高,能夠快速、準確地找到致病基因,對于有家族遺傳病史的人群,可有效確定是否攜帶致病基因,評估生育患病后代的風險。

局限性:對于罕見遺傳病,由于基因突變的多樣性和復雜性,可能存在部分致病基因未被覆蓋或難以準確解讀的情況,導致準確性有所降低。此外,即使檢測結(jié)果為陰性,也不能完全排除患病可能,因部分遺傳病可能由未知基因突變或基因與環(huán)境相互作用引起2 內(nèi)蒙古嘉安健達二代測序公司二代測序廣泛應用于個性化醫(yī)學。

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chip-seq的應用領(lǐng)域

轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析:可以精確地鑒定特定轉(zhuǎn)錄因子在基因組上的結(jié)合位點,幫助研究人員了解轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控網(wǎng)絡和基因表達調(diào)控機制。

表觀遺傳學研究:用于分析組蛋白修飾(如 H3K4me3、H3K27ac 等)和 DNA 修飾(如 5mC)在基因組中的分布,揭示這些修飾與基因表達和染色質(zhì)狀態(tài)的關(guān)系。

疾病研究:通過比較疾病樣本和正常樣本之間的差異,找到與疾病發(fā)生和發(fā)展相關(guān)的基因和調(diào)控因子,為疾病的診斷、***和藥物研發(fā)提供靶點。

基因調(diào)控網(wǎng)絡構(gòu)建:鑒定轉(zhuǎn)錄因子和其他調(diào)控因子與基因組上的相互作用,構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡,理解基因調(diào)控的復雜性和調(diào)控因子之間的協(xié)同作用。

基因組重構(gòu)和進化研究:通過比較不同物種之間的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點和組蛋白修飾位點的保守性和變異性,揭示基因組的進化模式和基因調(diào)控的演化過程。

什么是chip-seq?

Chip-seq即染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChromatinImmunoprecipitationSequencing),是一種結(jié)合染色質(zhì)免疫共沉淀(ChIP)技術(shù)與高通量測序(NGS)的分子生物學技術(shù),可在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等相互作用的DNA區(qū)段。以下是具體介紹:

技術(shù)原理

染色質(zhì)固定:使用甲醛等試劑交聯(lián)細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA,使蛋白-DNA相互作用的復合物固定,從而保留它們在體內(nèi)的結(jié)合狀態(tài)。

染色質(zhì)片段化:采用超聲波或酶切的方法將染色質(zhì)剪切成適合測序的小片段,通常片段大小在200-500bp范圍內(nèi)。免疫共沉淀:利用特異性抗體富集與目標蛋白結(jié)合的DNA片段,通過抗體與目標蛋白的特異性結(jié)合,將蛋白-DNA復合物沉淀下來。

交聯(lián)逆轉(zhuǎn)與DNA提取:通過加熱或化學方法逆轉(zhuǎn)蛋白-DNA交聯(lián),使DNA與蛋白質(zhì)分離,然后提取并純化DNA。

文庫構(gòu)建與高通量測序:對純化的DNA片段進行測序文庫制備,在DNA片段兩端連接特定的寡核苷酸接頭,隨后在高通量測序平臺上進行測序。

數(shù)據(jù)分析:包括序列比對,將測序讀段映射到參考基因組;峰值調(diào)用,識別蛋白質(zhì)結(jié)合的富集區(qū)域;功能注釋,分析峰的位置和功能等。 在基因組研究方面,二代測序能夠分析生物體的整個基因組,促進遺傳變異、基因表達和基因組結(jié)構(gòu)的研究。

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二代測序—全外顯子測序的優(yōu)勢針對性強:它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域,這部分區(qū)域雖然只占整個基因組的1-2%左右,但包含了大部分與疾病相關(guān)的突變。例如,在研究孟德爾遺傳病時,很多致病突變都位于外顯子區(qū)域,通過全外顯子測序可以更高效地找到這些突變。成本效益高:相比于全基因組測序,全外顯子測序的成本相對較低。因為它不需要對整個基因組(包括大量的非編碼區(qū)域)進行測序,在一定程度上減少了數(shù)據(jù)量和測序成本,同時又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。二代測序的工作原理是什么?安徽嘉安健達二代測序原理

二代測序的優(yōu)勢是高通量。江蘇二代測序提供

二代測序技術(shù)在不同人群中的準確性有何差異③

孕婦及胎兒

優(yōu)勢:無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)是二代測序技術(shù)用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應用,對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準確率分別能達到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統(tǒng)血清學篩查。

局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細胞,可能與胎兒實際情況不一致,導致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 江蘇二代測序提供

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