關于二代測序的簡介:二代測序技術(Next-GenerationSeguencing,NGS)也稱為高通量測序技術,是一種能夠同時對數百萬甚至數十億個DNA片段進行測序的方法。與傳統的桑格測序相比二代測序技術具有高通量、高準確性、高靈敏度和低成本等優勢。二代測序技術在大幅提高了測序速度的同時,大幅度的降低了測序成本,保持了高準確性,以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術則需要1周,但其序列讀長方面比起一代測序技術則要短很多,大多只100bp-150bp。二代測序可以應用在哪些方面?云南二代測序分析
二代測序——實驗流程類問題
二代測序的實驗流程包括哪些步驟:首先是樣本準備,提取高質量的DNA或RNA,并進行片段化處理;然后進行文庫構建,在片段兩端連接特定接頭;接著進行文庫質量檢測和定量,合格的文庫上機測序;***對測序得到的原始數據進行生物信息學分析,包括數據過濾、比對、變異檢測等。文庫構建的關鍵步驟和注意事項有哪些:關鍵步驟包括DNA片段化的程度控制、接頭連接的效率和特異性、文庫的純化和定量等。需要注意避免樣本的污染,確保片段化的均勻性,優化接頭連接反應條件,以及準確地進行文庫定量,以保證文庫的質量和測序結果的準確性。 湖南二代測序應用二代測序的原理是什么?
③二代測序一般多久出結果?
3、測序深度和覆蓋度要求
測序深度是指每個堿基被測序的平均次數,覆蓋度是指測序獲得的堿基占整個基因組(或目標區域)的比例。如果要求高測序深度和高覆蓋度,比如進行**全基因組的深度測序(測序深度可能達到100X甚至更高),需要更長的測序時間來獲取足夠的數據,并且后續的數據處理和分析也會更復雜。而對于一些簡單的基因篩查項目,測序深度要求較低(如10X-20X),相應的測序和分析時間會縮短。例如,低深度全外顯子測序用于篩查常見突變,測序可能在3-5天完成;而高深度的全外顯子測序用于檢測低頻體細胞突變,可能需要7-10天甚至更久。
什么樣本可以做二代測序?①
1、血液樣本
全血:這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細胞,其細胞核內有完整的基因組DNA。通過提取白細胞中的DNA,可以進行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA后,對與疾病相關的基因或整個外顯子組進行測序,以尋找致病突變。
血漿/血清:其中含有游離的DNA(cfDNA)和RNA(cfRNA)。在**患者中,腫瘤細胞會釋放其DNA片段進入血液循環,這些cfDNA被稱為循環**DNA(ctDNA)。通過對血漿中的ctDNA進行測序,可以實現**的早期篩查、***過程中的動態監測等。例如,對于肺*患者,檢測血漿中的ctDNA來追蹤**的基因突變情況,為靶向***提供依據。 NGS測序是二代測序嗎?
二代測序——蛋白質甲基化
概念及位置:蛋白質甲基化是指在蛋白質的氨基酸殘基上添加甲基基團。常見的甲基化修飾位點包括精氨酸(Arg)和賴氨酸(Lys)殘基。
作用
1、調節蛋白質 - 蛋白質相互作用:例如,組蛋白(染色體的組成成分)的甲基化可以改變染色質的結構和功能,影響基因的可及性。當組蛋白 H3 的賴氨酸殘基(如 H3K4、H3K9 等)發生甲基化時,會招募不同的蛋白質復合物,從而***或抑制基因轉錄。2、調節酶的活性:某些酶的活性可以通過蛋白質甲基化來調節。甲基化可能改變酶的活性中心的結構或者影響其與底物的結合能力。
檢測方法:質譜分析:這是一種***用于檢測蛋白質甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質分子的質量,通過比較甲基化和未甲基化蛋白質的質譜圖,可以鑒定甲基化位點和修飾程度。 二代測序的成本比一代測序高嗎?廣西二代測序分析
二代測序的流程有哪些?云南二代測序分析
二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異①
**患者
優勢:對于**患者,二代測序技術準確性相對較高,在**的診斷、***及監測等方面應用***。比如肺*患者,通過檢測**組織或血液中的基因突變,可準確找到如EGFR、ALK等驅動基因突變,為靶向***提供依據,其準確率通常在90%以上。在軟組織**中,二代測序能檢測到**組織的基因信息,包括突變基因、基因表達情況等,幫助醫生更準確地診斷病情,并制定個性化的***方案。
局限性:腫瘤細胞的異質性會影響檢測準確性,若樣本中腫瘤細胞比例低或存在多種類型細胞,可能導致部分基因突變漏檢,影響對**基因組全貌的評估。此外,血液樣本中循環**DNA含量低且釋放不穩定,也會使檢測結果存在波動,影響準確性 云南二代測序分析