無論是傳統的水產養殖模式，還是新型的工廠化水產養殖模式，一些基本的水質參數都是需要達標的。比如養殖水體的溫度、溶氧量、氨氮含量、亞鹽含量等。在實際應用中不同的魚種對這些參數的要求和耐受力也是不同的。在高密度工廠化水產養殖條件下，時刻保證相應的水質參數達標是整個循環水處理系統配置的根本依據。工廠化水產養殖系統的基本組成及工藝流程 工廠化水產養殖系統的配置應與對應魚種的適應環境相匹配。以全封閉的循環水養殖系統為例。

循環水系統處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質，這些物質排入到養殖水中后會在細菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環水處理系統的功能所在。循環水處理系統首先包括機械過濾部分。這些設備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經常用到的設備是蛋白質分離器、微濾機、精密過濾器等設備。其次，循環水處理系統還有生化過濾設備。這些設備是為了培養相應的微生物來對水中溶解性物質進行分解分離的。

循環水養殖系統作為一種新型養殖模式，通過一系列水處理單元將養殖池中產生的殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝(xiao)酸鹽氮（NO2–N）等有害污染物加以去除,凈化養殖水體環境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調溫等處理將凈化后的水體重新輸入養殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養殖生物提供穩定可靠、舒適優質的生活環境，為高密度養殖提供了有利條件。