在分解細菌的作用下，再進一步轉化成了氨。被魚類吃掉的一部分經過魚類的消化，也轉變成氨。殊途同歸的氨在分子態時是一種劇毒物質。在硝化細菌的作用下，它會被轉化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩定的物質。在高氧化還原電位的情況下，會被氧化成亞鹽。此時如果有反硝化細菌，鹽就會被轉化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個完整的轉化分離過程。 在實踐中，生物過濾的細菌需要適宜的條件才能起到相應的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統設備與生物過濾器配套，更對操作者有一定的技術要求。

循環水養殖系統作為一種新型養殖模式，通過一系列水處理單元將養殖池中產生的殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝(xiao)酸鹽氮（NO2–N）等有害污染物加以去除,凈化養殖水體環境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調溫等處理將凈化后的水體重新輸入養殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養殖生物提供穩定可靠、舒適優質的生活環境，為高密度養殖提供了有利條件。

對于所有養殖石斑魚的養殖戶來說，能夠一下解決以上所有問題的方法就是采用室內循環水養殖設備養殖石斑魚，室內循環水養殖也稱工廠化循環水養殖，能夠很好的避免低溫對養殖石斑魚的影響。循環水養殖設備能夠*大化改善養殖水的水質問題，避免水體環境的惡化，降低有害病菌的滋生，保證石斑魚健康成長。