循環水養殖系統難點是解決氮循環的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統的解決方案是在循環水養殖系統中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開，這就增加了循環水養殖系統的成本。前循環水養殖設備已實現工廠化生產，實現養殖池與養殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環水養殖系統中，實現養殖水的循環利用。

20世紀90年代，在淡水養殖方面，隨著經濟的快速發展，全國各地興建了很多水產養殖示范區，建立了一批淡水魚類工廠化循環水養殖系統，但是其經濟性矛盾依然突出。而工廠化循環水苗種繁殖生產系統具有水環境可控、苗種質量高等優點，適應了苗種生產的反季節性、水質條件要求高的特點，并且苗種的單位產值高，使之得到了一定程度的應用。以大菱鲆工廠化流水養殖為代表的海水工廠化養殖的大力推廣，隨之而來的是優質水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題。“九五”以來，國家有關科研計劃大力支持海水工廠化循環水養殖的研究，并取得了重要的階段性成果。

常見寄生在鰓部的苗種寄生蟲有：鰓隱鞭蟲、口絲蟲、錐體蟲、魚波豆蟲等等，這些寄生蟲會逐步破壞魚苗鰓部的功能，導致會出現魚不吃食或者浮頭等現象。預防寄生蟲的*有效方法就是管理好養殖水的質量，假如真的發現了魚不吃食或者浮頭等現象，千萬不要著急，不要妄自猜測，不要亂用藥，首先要確定是不是寄生蟲引起的，再者要確定到底是哪種寄生蟲引起的，*后才是用藥。