高密的養殖下，一旦系統崩潰、疾病爆發或循環水養殖系統運行的穩定性和系統總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環水系統的科學有效運行是多學科知識的綜合體現。研究調查發現，很多企業對循環水養殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數等知之甚少，直接影響到系統的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環水養殖模式的推廣難度。

工廠化循環水養殖的特點：一是用水量少，可利用較低質水源，對水資源要求較低；二是占地少，對土地資源的要求低；三是養殖密度高，單位耗水產量大；四是易于控制生長環境，魚類（以及其他養殖種類）生長速度快，生長周期短；五是飼料利用率高；六是水循環使用，利用系數高；七是排放的廢水廢物少，能集中處理，對環境無壓力或很小；八是不受外界氣候的影響，可實現常年生產。

蝦苗選擇的關鍵是選用健康、無特定疫病的蝦苗，肉眼觀測大小整齊，體長0.6厘米左右。蝦苗應活潑健壯，無病弱苗和死苗，溯水能力強，體色透明，不發紅，肝心區黑褐色。取蝦苗試養1～2天，死亡率不應大于5%。有條件者可取50尾蝦苗，送有關部門進行病毒檢測，選用不帶白斑綜合癥病毒病之蝦苗。夏威夷購進的第1代SPF親蝦繁育蝦苗更為適合。水溫升至22℃左右可開始放苗，或者先在有供熱的池中暫養，以延長養殖期，養殖大規格的商品對蝦。